HPV病毒的治療目前，HPV病毒尚無治癒的方法，但大部分人士可以依靠自身人體免疫系統自行清除HPV病毒。大多數 HPV感染可以在1-2年時間內自行消失[NCBI]。HPV病毒引起的疾病（如：尖銳濕疣、宮頸疾病、宮頸癌等）是可以治療的。不過需要留意，即使尖銳濕疣(性病疣)治癒了，病毒仍可能殘留並繼續傳染您的性伴侶。

現時並沒有方法根治HPV感染，針對HPV感染引致的陰部尖銳濕疣症狀，治療方法包括：

尖銳濕疣外敷藥物治療通過引導人體產生抗體，讓人體自體免疫系統去殺滅人類乳頭狀瘤(HPV)病毒；復發率較低，偶爾會引起灼熱感或痛楚。

CO2冷凍治療法治療原理與雷射治療法相似，治癒率低，復發率較高，治療時較疼痛，治療後需要較長時間的身體恢復，可能會留下疤痕。

外科手術去切除尖銳濕疣較少人使用的方法，會引致痛楚及出現疤痕

選擇治療方法需考慮不同因素例如疣體的大小、數目或受感染的範圍等。有患者需要接受多次療程方可達到滿意治療結果，而療程並不能阻止濕疣再度生長。如何選擇合適的治療方案請與醫生咨詢。

HPV治療後檢測接受HPV治療，病毒仍可能存在於周邊的黏膜或皮膚細胞中。建議在6-12個月後接受HPV基因分型檢測，若呈陰性便可確認HPV感染已經消除。